上海中医健康服务协同创新中心是上海市首批重点支持的协同创新中心之一，中心以上海中医药大学的中医学和中药学等优势学科、知识服务平台、交叉学科中心、国家中医临床研究基地等平台为基础，坚持开放协同，构建科研组织新机制。

2013年上海中医健康服务协同创新中心被列为上海市政府重点支持的协同创新中心，同意建设“健康辨识与评估”上海市重点实验室。

2014年上海中医健康服务协同创新中心被国家中医药管理局列为浦东国家中医药综合改革试验区的重要技术支撑单位，并批准建设“中医药健康服务模式与应用”重点研究室。

2017年在上海市教委对上海中医健康服务协同创新中心的绩效评价考核中，获得“优秀”（四个之一）。

2018年通过上海市教委对上海中医健康服务协同创新中心实地考察评估，获批申报教育部认定申请。

2018年12月，上海中医健康服务协同创新中心获教育部认定建设“上海中医药慢性病防治与健康服务协同创新中心”。

中心按照“国家急需、世界一流”的要求，助力上海全球有影响力科创中心建设，推动我校“双一流”学科发展。上海中医健康服务协同创新中心坚持开放协同，服务社会，与相关高校和企业合作，大力推进中医健康服务新模式的研究以及中药健康产品的研发，在机制体制改革中，积极融入先行先试。聚焦重大慢性病“中国防治方案”与疗效提升的协同攻关、基于人工智能的中医药产品研发与转化、以及中医药国际技术标准研究三大方向，瞄准建立中医药国际标准研究中心，主导和引领中医药的话语权；惠民生，发挥中医药“治未病”的特色优势；建立一流的中药新产品与新技术的创新基地、一流的中药产业战略研究平台，打造上海乃至全国生物医药产业的升级版，推动中医药的现代化发展。